Улица получила свое название в честь Томского мушкетерского полка. 29 ноября 1796 г. указом его величества из Екатеринбургского и Семипалатинского сибирских полевых батальонов с дополнением людьми Иркутского драгунского полка и рекрутами 1797 г. в городе Томске был сформирован Томский мушкетерский полк. По именному высочайшему повелению 24 апреля 1798 г. Томский мушкетерский полк вступил в пределы Колывано-Воскресенских заводов. С июля по сентябрь 1798 г. батальоны полка вступили в Барнаул и были расквартированы поквартирно в заводе Барнаула и в селениях Барнаульской, Белоярской и Шадринской волостей.
В 1811 г. с перевооружением пехоты новыми ружьями взамен мушкетов мушкетерские полки Русской армии были переименованы в пехотные; при этом их роты (за исключением гренадерских) сохранили название мушкетерских.
Любовь к Отечеству, невиданную силу духа проявили воины полка в Бородинском сражении, защищая Курганную батарею. После Бородинской битвы полк участвовал в сражении за Малоярославец. В 1815 г. полк принял участие во втором походе во Францию. 18 декабря 1815 г. он вернулся в Россию. Высочайшим приказом 6 апреля 1813 г. воинам полка были пожалованы знаки на кивера с надписью «За отличие».
Воины Томского пехотного полка приняли активное участие и в Крымской войне 1853–1856 гг. Они проявили мужество, стойкость и героизм в ходе войны, в том числе в течении 11 месяцев сражаясь на бастионах Севастополя.
За отличия и храбрость полку были пожалованы во все 4 действующих батальона Георгиевские знамена с надписью «За Севастополь 1854–1855 гг.»
Славная боевая история 39-го Томского пехотного полка завершилась с его расформированием в 1918 г.